Le conseil général soutenait  que la loi créant ce fonds portait atteinte à la libre administration des collectivités territoriales et à leur autonomie financière.

Le Conseil constitutionnel  considère que le législateur n'a fait que modifier les conditions d'exercice de missions déjà menées par les départements depuis 1983 et n'a, comme le soutenait le Conseil général, procédé "ni à un transfert aux départements d'une compétence qui relevait de l'Etat ni à une création ou extension de compétences".

Philippe Richert, ministre chargé des collectivités territoriales et Roselyne Bachelot, ministre des solidarités et de la cohésion sociale prennent acte de cette décision. Ils rappellent que, depuis 2003, les gouvernements successifs ont scrupuleusement respecté les principes de libre administration et d'autonomie financière des collectivités territoriales. Pour mémoire, la réforme de la protection de l'enfance du 5 Mars 2007,  qui se limite à définir les trois objectifs prioritaires de l'aide sociale à l'enfance et à proposer des mesures de réorganisation afin de répondre aux situations de violence et de maltraitance, avait emporté une adhésion consensuelle des départements lors de son examen en 2007. La mise en place d'un fonds national pour la protection de l'enfance avait alors pour objectif d'accompagner cette réforme auprès des départements. A ce titre, les ministres rappellent que le FNPE a été doté de 40 M€ pour la période 2010-2012, dont 33 M€ en 2011.