La Société du Grand Paris et le Syndicat des transports d'Île-de-France, qui portent conjointement l'effort de modernisation et de construction des réseaux de transport en commun franciliens, bénéficient de ressources fiscales dont les assiettes sont strictement franciliennes :

• La taxe sur la location de bureau (TLB)
• La taxe sur les équipements (TSE)
• L'impôt forfaitaire sur les entreprises de réseaux (Ifer)
• La redevance pour la création de bureaux (RCB)

Aucun amalgame ne doit être fait entre les sources de financement du Grand Paris et la dotation de péréquation de la dotation générale de fonctionnement (DGF) des régions. Ainsi, contrairement à la Bretagne, la région Ile-de-France n'est pas éligible à la dotation de péréquation de la DGF. Par ailleurs, le gouvernement n'envisage pas de faire bénéficier l'Ile-de-France de cette dotation de péréquation.

Contrairement à l'affirmation de Pierrick Massiot, vice-président du conseil régional de Bretagne, la réforme fiscale des collectivités en cours ne créera pas de différentiel en faveur de l'Ile-de-France, au détriment des autres régions. En effet, la loi de finances pour 2011 prévoit un fonds de péréquation qui corrigera d'éventuels écarts de ressources entre les régions afin de favoriser l'équité entre les territoires. Ce fonds sera alimenté par la cotisation sur la valeur ajoutée des entreprises qui se substitue à la taxe professionnelle.
 « Le plan de financement du Grand Paris est arrêté, les lois sont votées. Ces financements sont assis sur des taxes affectées qui sont exclusivement franciliennes. Ainsi, affirmer que les régions de France financeront le Grand Paris est une contre-vérité absolue.»