La Mission oriente les chercheurs dans les fonds d'archives du ministère en mettant à leur disposition trois types d'instrument de recherche :
Ces instruments de recherche sont consultables au CARAN (Centre d'Accueil et de Recherche des Archives Nationales), ainsi qu'en salle de lecture du Service des Archives nationales site de Fontainebleau .
Les chercheurs en histoire contemporaine travaillent fréquemment sur des sources d'archives dont les délais de communicabilité ne sont pas encore arrivés à terme. Ils doivent alors effectuer une demande de dérogation pour laquelle la mission peut leur apporter une aide technique.
Les documents administratifs tels que définis par la loi du 17 juillet 1978 consultables dès leur création sont immédiatement communicables. Pour les autres documents, la communication est soumise aux délais fixés par le livre 2 du code du patrimoine (L. 213-1 à L. 213-4) :
pour les documents dont la communication porte atteinte au secret médical. Si la date du décès n'est pas connue, le délai est de cent vingt ans à compter de la date de naissance de la personne en cause ;
pour les documents dont la communication porte atteinte au secret de la défense nationale, aux intérêts fondamentaux de l’État dans la conduite de la politique extérieure, à la sûreté de l’État, à la sécurité publique ou à la protection de la vie privée, à l'exception des documents mentionnés aux 4° et 5°. Le même délai s'applique aux documents qui portent une appréciation ou un jugement de valeur sur une personne physique, nommément désignée ou facilement identifiable, ou qui font apparaître le comportement d'une personne dans des conditions susceptibles de lui porter préjudice.
Le même délai s'applique aux documents relatifs à la construction, à l'équipement et au fonctionnement des ouvrages, bâtiments ou parties de bâtiment utilisés pour la détention des personnes ou recevant habituellement des personnes détenues. Ce délai est décompté depuis la fin de l'affectation à ces usages des ouvrages, bâtiments ou parties de bâtiment en cause ;
ou un délai de vingt-cinq ans à compter de la date du décès de l'intéressé si ce dernier délai est plus bref :
ou un délai de vingt-cinq ans à compter de la date du décès de l'intéressé si ce dernier délai est plus bref, pour les documents mentionnés au 4° qui se rapportent à une personne mineure.
Les mêmes délais s'appliquent aux documents couverts ou ayant été couverts par le secret de la défense nationale dont la communication est de nature à porter atteinte à la sécurité de personnes nommément désignées ou facilement identifiables. Il en est de même pour les documents relatifs aux enquêtes réalisées par les services de la police judiciaire, aux affaires portées devant les juridictions, sous réserve des dispositions particulières relatives aux jugements, et à l'exécution des décisions de justice dont la communication porte atteinte à l'intimité de la vie sexuelle des personnes.
Ne peuvent être consultées les archives publiques dont la communication est susceptible d'entraîner la diffusion d'informations permettant de concevoir, fabriquer, utiliser ou localiser des armes nucléaires, biologiques, chimiques ou toutes autres armes ayant des effets directs ou indirects de destruction d'un niveau analogue.
Toutefois, la loi prévoit une procédure particulière pour délivrer une autorisation exceptionnelle de consulter des documents n'ayant pas atteint le délai légal de communicabilité : c'est la communication par dérogation. Cette autorisation qui est accordée par le ministre de la Culture après accord du service ayant effectué le versement, s'applique à une personne nommément désignée et pour une liste de documents identifiés par une cote.