La ministre de l’égalité des territoires et du logement, le ministre de l’intérieur, la ministre de l’écologie, du développement durable et de l’énergie, la ministre de la culture et de la communication et le ministre délégué au budget ont confié, en février 2013, à l’inspection générale de l’administration, au conseil général de l’environnement et du développement durable, à l’inspection générale des affaires culturelles et à l’inspection générale des finances une mission d’appui aux services de l’État ainsi qu’au syndicat mixte chargés du projet de rétablissement du caractère maritime du Mont Saint-Michel.
Conformément à la lettre de mission, un premier rapport a été rendu en octobre 2013 portant sur le bouclage financier du projet, sur l’équilibre de la délégation de service public relative au stationnement et au transport des visiteurs et sur les mesures à prendre pour mettre la comptabilité du syndicat mixte en conformité avec les recommandations de la chambre régionale des comptes.
Le second rapport, remis en mars 2014, porte sur « la question de la gouvernance la plus appropriée pour l’après-2015 », date de la fin des travaux du rétablissement du caractère maritime - RCM avec comme objectif de permettre à chacun des acteurs concernés de disposer d’une feuille de route et d’un mode opératoire pour la période postérieure à l’année 2015.