La préfecture de la Haute-Savoie avec la Suisse, celle du Nord avec la Belgique, la région Midi-Pyrénées avec la principauté d'Andorre et l'Espagne, ou encore la région PACA avec l'Italie, de plus en plus de départements et de régions collaborent étroitement avec l'étranger à travers 52 programmes de coopération transfrontalière.

En Midi-Pyrénées, le préfet de région est l'autorité nationale pour le programme de coopération territoriale de l'espace sud-ouest européen (SUDOE), qui soutient le développement régional en cofinançant des projets FEDER (fonds européen de développement régional) et coordonne les services de l'État pour le programme POCTEFA (programme de coopération transfrontalière Espagne-France-Andorre). Les acteurs publics des régions espagnole, française, portugaise, andorrane et britannique (Gibraltar) peuvent ainsi contribuer à la croissance régionale en développant des projets de coopération transnationale en matière d'innovation, d'environnement, de nouvelles technologies de l'information, ou encore de développement urbain durable.

"Pour ces programmes, le préfet de Midi-Pyrénées est le représentant de l'État pour les trois régions françaises concernées : Midi-Pyrénées, Aquitaine et Languedoc-Roussillon, soit dix-huit départements, explique Vincent R., secrétaire général à l'administration régionale en Midi-Pyrénées et gestionnaire de ces fonds européens. Nous assurons la coordination des opérations côté français. À travers cette activité internationale, la préfecture de région renforce son intégration transfrontalière, valorise les territoires et le patrimoine, et tend à améliorer la qualité de vie des populations à travers des stratégies communes."

À la frontière franco-suisse, le sous-préfet de Saint-Julien-en-Genevois assure des missions déléguées par le préfet de la région Rhône-Alpes dans le travail transfrontalier avec l'agglomération genevoise. Il représente l'État français au quotidien pour assurer le suivi de cette coopération et assure le rôle de co-secrétaire général avec un homologue suisse au sein du comité régional franco-genevois (CRFG), une instance de coopération co-présidée par le préfet de région. "Genève est une ville au rayonnement mondial, une opportunité pour la France, qui entraîne un certain nombre d'enjeux (sécurité, social, transports…) qui rejaillissent sur notre territoire. Cela permet d'élargir le spectre de l'action publique et de notre action, de collaborer avec un État étranger tout en travaillant étroitement avec les collectivités locales et de défendre les intérêts de la France."

Parmi les dossiers portés, le projet ferroviaire CEVA (Cornavin–Eaux-Vives–Annemasse) vise à créer un véritable réseau régional (RER) à l'échelle de l'agglomération genevoise, permettant de gommer l'effet frontière des déplacements dans un rayon de 60 km  autour de Genève, soit un territoire de près d'un million d'habitants répartis sur deux cantons suisses et deux départements français, la Haute-Savoie et l'Ain.

Autre voie d'accès à la coopération internationale pour les préfectures : l'accueil de délégations étrangères. "Notre organisation territoriale et administrative intéresse beaucoup de pays, confirme Mohamed B., chef du pôle affaires internationales à la délégation aux affaires internationales et européennes (DAIE). Aujourd'hui, des pays comme l'Afrique du Sud, la Thaïlande ou encore le Brésil veulent observer notre modèle de déconcentration et de décentralisation, qui a permis aux collectivités locales de se développer avec des pouvoirs, des prérogatives, des moyens financiers…" Ces délégations étrangères sollicitent directement le ministère ou les ambassades. La DAIE leur dresse ensuite un programme précis de visites, en centrale puis en préfecture. Pour ce faire, le ministère lance un appel à candidatures auprès des préfectures et répartit ensuite les stagiaires selon des thématiques précises. Ainsi, une trentaine de vice-gouverneurs afghans étaient présents en mai dernier en Isère, en Savoie, dans les Hautes-Pyrénées ou encore en Corse, départements dont les reliefs correspondent à ceux des provinces afghanes et qui présentent des problématiques similaires, comme le pâturage ou le bétail. Un représentant du gouvernement de la république démocratique du Congo est, quant à lui, venu observer plusieurs préfectures au cours des dernières élections, tandis qu'une délégation d'Oran venait s'inspirer auprès de préfectures et de sous-préfectures de l'organisation, de la gestion et des procédures en vigueur dans les casinos français.

En 2012, une quarantaine d'interventions de la sorte ont été organisées par la DAIE. "Lorsque nous recevons des délégations étrangères nous jouons en quelque sorte le rôle d'ambassadeur de l'État en région, continue Vincent R. La préfecture offre alors une plus-value dans la coopération internationale du ministère devenant un relais territorial, un complément."